稳定的过滤系统是海水生态造景缸不可或缺的条件，而下介绍的过滤系统中，都各有优劣和许多值得进阶玩家去挑战的地方，而最能让新手及早体会到恋爱滋味的要属滴流式过滤系统，效果最好且较容易维持，是其广手新手堆崇的原因。
1)。底砂过滤系统
这是一种最简易及传统的过滤系统，只要在水族缸底部放一隔板，并在其上放置约6公分厚的沙子，
利用空气或抽水强迫水流流经过滤沙层就可达到过滤效果。
优点：可有效的使用6个月之久，因为沙层中的氧气浓度高，
微生物可以有效的将有毒的氨盐转变成毒性较低的硝酸盐。
缺点：生物啐屑在堆积一段时间后会造成硝酸盐浓度升高，
所以除非勤于换水，否则长远看来，此系统无法有效地控制硝酸盐的浓度。
2)。滴溜式过滤系统
原理是将水流由上往下导，经过连串的滤材。由于水流与滤材介面是充氧的，
所以能在短时间内将水中有毒的氨盐转变成毒性较低的硝酸盐。
优点：滴流过程中，可营造充足的溶氧，让好的氧菌有
效率的将急毒性的亚硝酸盐转换成慢毒性的硝酸盐。
缺点：由于滴流系统会造成环境溶氧较高，不利于厌氧菌的生存，
不能将慢毒性硝酸盐转化成无毒性氮气，造成缸中硝酸盐浓度过高，
必须籍由经常的换水来降低硝酸盐的浓度。
3)。活砂过滤系统
利用海底天然的珊瑚砂，也就是珊瑚礁的碎屑，平铺于缸底，除了最底部的充水层外，还具有二层沙层，水流完全是利用扩散的方式通过沙层。
优点：透过铺设适当厚度的砂层，达到接近水流的上半层砂层形成好氧环境，
下半层砂形成厌氧环境，进而处理水中的硝酸盐。
缺点：话砂系统虽提供了较活石系统更大的处理能力，但为了使活砂系统保持处理水质的高效率，
还需要透过各种翻砂生物来搅动砂层，促进砂层的新陈代谢。
4)。活石过滤系统
利用海中天然的死珊瑚礁，作为种其他生物的基质£¬以协助处理缸中的硝酸盐。
优点：海中的礁岩多为死亡珊瑚骨胳，利用其多孔的特性，
替生物性过滤的细菌提供附着的基质。礁岩的表面接触到水流的区域，
可形成溶氧高的环境，而愈接近礁岩的刻心其溶氧的程度便愈底，
所以礁岩内部便可营造出厌氧的环境，供厌氧菌生存，有了厌氧菌便能促进缸中硝酸盐的转换，
不致产生浓度过高的现象。
缺点：活石系统通常需要相当数量的活石才能足够应付缸中硝酸盐产生的速度，
因此整个系统的重量相当可观。通常缸中会以每加仑的水有1至2磅的比例
(约每4公升用0.45-0.9kg)来放置活石。